Dans la nuit du I2 Moharram 1383 (Hégire) 1963, les agents du Shah Mohammad Reza assiègent la maison de l’Imam, arrêtent ce dernier et le conduisent à Téhéran. A peine l’événement est-il diffusé, que le peuple sort dans les rues et manifeste en faveur de l’Imam Khomeiny, et condamne les ennemis de l’Islam. Ce fut le soulèvement du I5 Khordad (en 1963) dans lequel tombèrent plus de 15 milles personnes sous les balles du régime impérial.
Les pétitions demandant la libération de l’Imam affluèrent de l’intérieur du pays et de l’étranger,(Nadjaf et Caire). Le régime craignant pour sa survie, fut contraint de libérer l`Imam après l`avoir gardé en prison 9 mois.
A son retour à Qom,l`Imam fut triomphalement accueilli et ses condamnations du régime reprirent avec plus d’ardeur. Les Etats Unis comprenant que ces actes pourraient mettre en peril ses intérêts, exercèrent des pressions sur le Shah pour obliger à accorder à ses ressortissants les privilèges des capitulations aux termes desquelles la justice iranienne ne pourra plus s’exercer contre eux pour tout crime qu’ils commettaient, se contentant de les remettre à la justice américaine pour leur jugement en territoire américain. Pour faire face aux positions inébranlable de l'Imam, les agents du Shah déchu envahirent la maison de I’ Imam, saisissant ce dernier et le conduisant à l’aéroport de Téhéran, et de là l’ont envoyé en exil en Turquie. Ils arrêtèrent ensuite son fils Mostafa al Khomeiny et l’exilèrent aussi en Turquie. Une vague de manifestations, de grèves et de revendications suivit ces événements. Le Shah fit transférer l`Imam en Irak pour restaurer le calme dans le pays. Dans la ville de Nadjaf al-achraf, en Irak, il poursuivit ses activités islamiques, par l’enregistrement d’exposés, de conférences, et de messages, l’écriture d’ouvrages et la publication de tract et de messages au peuple iranien, en diverses occasions. Durant son exil, il écrit "Velayat-él-Faqih" (le gouvernement des juristes islamique) dans lequel il étudie les fondements du gouvernement islamique, et jette ses bases théoriques. Il crée un réseau de liaisons permanentes avec te peuple iranien, grâce auquel il fait parvenir ses Fatwa (opinion d’un docteur de la Loi sur une ou plusieurs questions religieuses), et ses positions à l’égard des événements qui se déroulent en Iran.
Pendant son exil, l’Imam fit aussi connaître sa position sur la question palestinienne et sa dénonciation des visées du sionisme. II prend contact avec les groupes du mouvement palestinien, et les encourage à adopter une ligne islamique, et à n’envisager pour solution que le Jihad.
Pendant ce temps, le peuple iranien souffrait de voir l’Imam exilé, et s’impatientait de son retour. Il restait attentif au moment où l’occasion se présenterait pour exprimer sa colère au régime tyrannique. L’occasion vint en 1978, quand un journal publia un article insultant et diffamant l’Imam Komeiny.
Une manifestation pacifique est organisée par le peuple, à la suite de la publication de cet article dans la ville de Qom. Mais le Shah donna l’ordre à ses agents de tirer sur la foule, faisant de dizaines de morts et de blessés, et suscitant une colère générale au, sein de la Nation. Il y eut par la suite le massacre de la ville de Tabriz, à la suite des cérémonies du deuil pour rendre hpmmage aux martyrs de Qoum.
Durant cette période, se consolida, plus que jamais auparavant, le lien entre le peuple et l’Imam, et les messages et directives de celui-ci commencèrent à affluer en Iran, dévoilant le nouveau complot américain dénommé "L’ouverture politique", appelant la communauté à manifester, et à se servir des mosquées comme bases pour les activités révolutionnaires islamiques.
Au cours des derniers jours du mois de Ramadan 1398 de l’Hégire (1978), le régime au pouvoir en Irak fit encercler la maison de l’Imam à Nadjaf, après avoir baissé la tête devant le Shah déchu, et consolidé ses relations avec lui, la clique baathiste takritiste demanda alors à l’Imam de choisir entre garder le silence ou quitter l’Irak.
A l’aéroportde Paris, les autorités françaises lui demandèrent de garder le silence, il répondit par sa fameuse phrase: « Je dirai ce que j’ai à dire, même si, je devais aller d’aéroport en aéroport ! ». Les autorités françaises furent contraintes de lui accorder le séjour sur leur territoire conformément à leur loi, l’Imam s’installa à Neauphle-le-Château, dans la région parisienne d’où il continua de diriger la Révolution.
L’expulsion de l’Imam par la clique Baathiste irakienne a renforcé le mouvement de protestation en Iran. A Téhéran, il y eut des manifestations grandioses, à l’occasion de l’Aïd el fïtr, (fin du Ramadan) regroupant des millions d’enfants de la nation scandant des slogans pour l’application de 1`Islam, et le retour de l’Imam.
Le régime fantoche prit peur devant le geste du peuple, et perdit son sang froid. Il décida de prendre sa revanche le lendemain, il encercla les manifestants dans la place des martyrs et fit ouvrir le feu sur eux. Il y eut plus de cinq mille morts, hommes et femmes. Des milliers de citoyens furent blessés. La loi martiale fut proclamée dans toutes les villes de l’Iran. L’Imam continua à orienter le peuple dans la voie de la Révolution, rejetant avec véhémence tous les compromis que lui proposaient le régime tyrannique et ses maîtres américains.
Les appels et messages de l’Imam à partir de Neauphle-le-Château en France, faisaient brûler d’ardeur les consciences, et stimulaient l’esprit de sacrifice, comme ils mettaient l’accent sur le refus de toute solution médiane, de toute trêve, et de toute entente. Ils insistaient sur la nécessité de demeurer dans la ligne des slogans islamiques et du cri: "Allah Akbar" jusqu’à la victoire finale.Le peuple est resté fidèle à sa direction islamique, offrant des vagues successives de martyrs, organisant des manifestations, décidant des grèves, et exécutant à la lettre les directives de l’Imam, jusqu’à ce que le Shah, fut contraint de fuir du territoire iranien, après avoir constitué un nouveau gouvernement sous la direction du valet des renseignement américains, Chapour Bakhtiar. Celui-ci essaya de se montrer patriote, populaire et démocratique, il tenta de convaincre les grévistes à reprendre le travail, en particulier les travailleurs du secteur pétrolier, mais il connut un échec fracassant. Et l’Imam est rentré en Iran, deux semaines après le départ du Shah déchu.