C'était une fille intelligente et talentueuse, dotée d'une mémoire prodigieuse et d'une grande persévérance dans les études. Elle a fait ses études secondaires dans les nouvelles écoles de l'époque. Elle a appris le français à l'école et l'arabe auprès de l'Imam Khomeini (ra). Elle maîtrisait la poésie et la littérature persane, connaissait bien les ghazals de Hafez et Saadi, le Gulistan, le Boustan, Kalila et Dimna et d'autres œuvres de la littérature iranienne et a mémorisé de nombreux poèmes persans jusqu'à la fin de sa vie.
Initialement, malgré l'accord de son père à ce mariage, elle n'y était pas favorable, par l'intermédiaire de Seyyed Mohammad Sadegh Lavasani, ami commun de l'Imam Khomeini et de son père. Son père ayant laissé la décision à sa fille et à sa grand-mère, elle était sur le point d'annoncer son refus définitif lorsqu'elle a fait des rêves bénis et a réalisé que ce mariage était prédestiné. Après de multiples demandes en mariage, elle a épousé l'Imam Khomeini en 1929 au mois béni de Ramadan au mausolée de Shah Abdol-Azim. De ce mariage sont nés 3 garçons et 5 filles. Elle a perdu trois enfants appelés Latifeh, Saeedeh et Seyyed Ali dans leur enfance. Ses 5 autres enfants étaient le martyr l'Ayatollah Mostafa Khomeini, Mme Sedigheh Mostafavi, Mme Farideh Mostafavi, Mme Zahra Mostafavi et feu Hojjat al-Islam Ahmad Khomeini.
L'Imam se comportait envers elle avec affection et respect, de sorte que les enfants traitaient leur mère de manière digne et respectueuse. Mme Saqafi accomplissait les actes recommandés, tenait à préserver la réputation des autres et à aider les nécessiteux. Elle évitait la médisance, les accusations et les mensonges et ne faisait aucunement étalage de sa religiosité. Bien qu'ayant passé son adolescence dans l'aisance chez sa grand-mère, elle a mené une vie simple et frugale dans la maison de l'Imam.
Elle est restée aux côtés de l'Imam tout au long de son combat, a émigré à Téhéran pendant la période de son assignation à résidence d'une durée indéterminée à Gheytarieh. Mme Saqafi a patiemment enduré la période d'exil de l'Imam et de Haj Agha Mostafa. Après le transfert de l'Imam en Irak, elle a quitté ses attaches en Iran pour l'accompagner à Najaf. Pendant l'exil, elle a su établir des relations respectueuses avec les autorités religieuses de Najaf comme les Grands Ayatollahs Khoei, Sadr et d'autres, jouant ainsi un rôle important dans la préservation de la dignité de la maison de l'Imam au sein du séminaire de Najaf.
Après avoir enduré les difficultés du combat et la victoire de la Révolution, subi le deuil du martyr l'Ayatollah Mostafa Khomeini, de son époux l'Imam Khomeini et de Hojjat al-Islam Ahmad Khomeini, et après avoir souffert pendant 7 mois de troubles gastriques, d'infection intestinale, de son âge avancé puis de mort cérébrale, elle est décédée à l'âge de 96 ans aux premières heures du samedi 21 mars 2009 à l'hôpital Khatam al-Anbia de Téhéran. Le Guide suprême l'Ayatollah Khamenei, le président de l'époque, le président de l'Assemblée de discernement de l'intérêt supérieur du régime, d'autres responsables religieux et politiques ainsi que des institutions gouvernementales et militaires ont présenté leurs condoléances. Sa dépouille a été inhumée au mausolée de l'Imam Khomeini (ra).