Le dixième Imam était contemporain de sept calife Abbassides : Ma'mûn, Mu'tasim, Wâthiq, Mutawakkil, Muntasir, Musta'in et Mu'tazz. Ce fut sous le règne de Mu'tasim que son noble père mourut empoisonné à Bagdad. A ce moment, Ali Ibn Mohammad Naqî se trouvait à Médine.
Il y devint Imam par Ordre divin et par décret des Imams précédents. Il demeura à Médine, y enseignant les sciences religieuses jusqu'à l'époque de Mutawakkil. En 243/857, à la suite de fausses accusations lancées contre lui, Mutawakkil ordonna à l'un de ses officiers d'inviter l'Imam à Samarra qui était alors la capitale.
Il écrivit lui-même à l'Imam une lettre pleine de délicatesse, l'invitant à venir à la capitale où ils pourraient se rencontrer.
A son arrivée à Samarra, on fit preuve d'un certain respect et de courtoisie à son égard. Simultanément, Mutawakkil essaya par tous les moyens possibles de le troubler et de le déshonorer. Plusieurs fois il convoqua l'Imam dans le but de le tuer ou de le disgracier, et fit fouiller sa maison.
Plus que tout autre, Mutawakkil était un ennemi déclaré de la famille du Prophète. Il vouait une haine spéciale envers Ali, qu'il insultait ouvertement. Il ordonna même à un bouffon de ridiculiser Ali à des banquets licencieux. En l'an 237/850, il ordonna que le mausolée de l'Imam Hossein à Karbala et plusieurs maisons alentours fussent détruits complètement. De l'eau fut amenée par canal vers la tombe de l'Imam. Il ordonna que le sol de la tombe fût retourné et cultivé afin que toute trace de celle-ci disparaisse.
Durant le califat de Mutawakkil, les conditions de vie des descendants d'Ali dans le Hidjâz devinrent misérables, au point que leurs femmes ne possédaient pas même un voile pour se couvrir. Plusieurs d'entre elles n'avaient qu'un vieux voile qu'elles portaient pour les prières quotidiennes. Des pressions similaires furent exercées sur les descendants d'Ali vivant en Egypte. Le dixième Imam accepta avec patience les persécutions du calife Abbasside Mutawakkil jusqu'à la mort de celui-ci qui fut remplacé par Muntasir, puis Musta'in et finalement Mu'tazz dont les intrigues aboutirent à l'empoisonnement de l'Imam.