Pendant l'Imamat du cinquième Imam et en conséquence des injustices perpétrées par les omeyyades, des révoltes et des guerres éclatèrent chaque jour quelque part dans le monde islamique. De plus, des querelles à l'intérieur de la famille omeyyades elle même occupèrent le califat et laissèrent un peu de liberté aux membres de la famille du Prophète(p). Par ailleurs, la tragédie de Karbala et l'oppression subie par la famille du Prophète dont le quatrième Imam était le symbole vivant, attirèrent beaucoup de musulmans vers les Imams. Ces facteurs permirent au peuple et surtout aux chiites d'aller en grand nombre à Médine rejoindre le cinquième Imam. Certaines conditions qui n'avaient jamais existé sous ses prédécesseurs, se présentèrent au cinquième Imam pour répandre les vérités relatives à l'Islam et aux sciences de la famille du Prophète . La preuve en est les innombrables traditions attribuées au cinquième Imam et le grand nombre d'hommes illustres et de savants chiites formés par lui dans les différentes sciences islamiques. Ces noms sont enregistrés dans les biographies des hommes célèbres de l'Islam.
Il fut un homme de beaucoup de qualités de grandeur, de révérence et de piété. Il était la quintessence du savoir, de la courtoisie et des dispositions au bien. Il fut dévot, humble et généreux.
Les récits ci-après sont révélateurs de la qualité de son caractère:
Un jour, un chrétien insulta l'Imam en le traitant de taureau. L'Imam lui répondit: «Je suis al-Bâqir (celui qui exhume la connaissance» Le Chrétien rétorqua : «Tu es le fils d'un cuisinier». L'Imam répondit «C'était son travail». Le Chrétien, injurieux, répliqua : «Tu es le fils d'une mère barbare». L'Imam lui dit : «Si tu as dit la vérité qu'Allah lui pardonne, et si tu as menti, qu'Allah te pardonne».
Ayant constaté cette bonté chez l'Imam, le Chrétien se convertit à l'Islam.
Jabir Ibn Abdullah al-Ançâri, un compagnon du noble Prophète raconta : «Un jour j'étais avec le prophète, qui gardait son petit-fils, Hussayn sur ses genoux et jouait avec lui. Le Prophète me dit alors : «0 Jâbir! ce fils des miens engendrera un Fils ayant pour nom Ali. Le Jour du Jugement Dernier, un crieur proclamera : «Laissez le Dirigeant des Adorateurs se mettre en avant». Ainsi, Ali, fils de Hussayn s'avancera. Ce Ali fils de Hussayn engendrera un fils appelé Mohammad. 0 Jâbir! Lorsque tu le rencontreras, transmets-lui mes salutations. Après quoi, tu ne vivras pas longtemps».
L'Imam al-Bâqir (Que la Paix soit sur lui) était un océan de connaissances et pouvait répondre à toute question sans hésitation. Ibn Ata al-Makki dit à ce propos «Je n'ai jamais vu de grands savants se sentir aussi inférieurs devant quelqu'un, qu'ils le sont devant l'Imam Mohammad al-Bâqir (Que la Paix soit sur lui) (c'est-à-dire : chaque fois qu'un savant se trouvait devant l'Imam, il sentait en lui-même un manque de connaissances). Ainsi j'ai assisté à son entretien avec Hakim Ibn Utayba : celui-ci était comme un enfant face à son instituteur».
Mohammad, fils de Muslim relate : «jamais une question ne m'est venue à l'esprit sans que je manque de la poser à l'Imam Mohammad al-Bâqir, jusqu'à ce que le nombre de questions que je lui ai posées ait atteint 30 000».
Il se rappelait toujours Allah. Son fils, l'Imam Jaafar al-Sadeq (Que la Paix soit sur lui) raconta : «Mon père se rappelait Allah à tout moment ; partout où je l'accompagnais, je le voyais évoquer Allah ; même lorsqu'il conversait avec les gens, il gardait Allah dans la mémoire ; il accomplissait la prière de Tahajjud 1 régulièrement, était dévoué à l'adoration d'Allah, et pleurait d'amour d'Allah.
Quelques paroles de l'Imam Mohammad al-Baqer
-Nul croyant ne voit son coeur touché par l'orgueil sans que sa raison n'en soit diminuée.
-Pour Allah, un Savant qui fait profiter de sa Science vaut mieux que mille adorateurs; pour Iblis, la mort d'un Savant est préférable à la mort de 70 adorateurs.
-Si tu es lésé, ne lèse personne.
-Si on te trahi, ne trahis personne.
-Si on te contredits, ne te mets pas en colère.
-Si on te fais éloge, ne te réjouis pas.
-Si tu es dénigré, ne t'affole pas.