Après le décès de l'Imam Khomeiny, au 4 juin 1989, l'Assemblée des experts, qui avait pour tâche d'élire le guide de la révolution, s'est immédiatement réunie pour mener à bien cette tâche très cruciale et importante. Le pays se trouvait dans une situation difficile, les frontières pouvaient à tout moment faire face à une nouvelle menace (d'autant plus que, selon le bruit couru, les forces de Saddam se déplaçaient vers les frontières après le décès de l'Imam) ou l'ennemi pouvait préparer de nouvelles projets pour le pays et abuser de la situation des jours de l’absence de l'Imam Khomeini. L'ayatollah Khamenei, a rapporté ainsi ces inquiétudes quelques jours après le décès de l'Imam : « Nos ennemis ont supposé que la société se brise après le décès de l'Imam, et la perplexité domine parmi le peuple et la divergence se manifeste entre les responsables, et la révolution soit privée de soutien du peuple et des limites de défense publique. Par cette hypothèse, ils avaient beaucoup d’espoir et ont investi pour l’arrivée de ce moment ».
Selon le cent septième principe de la constitution du pays, qui a été établie en 1979 avec le vote du peuple, dans une telle situation, les experts de la nation devront choisir quelqu’un possédant la compétence d’être un Marja-e taqlid qui a la perspicacité politique et la capacité de gouverner le pays, et s’ils n’ont pas trouvé quelqu’un qui mérite ce poste, selon la loi, il était possible pour les experts de choisir un groupe d'autorités qualifiées (3 à 5 personnes) en tant que conseil de direction pour qu’ils prennent ensemble en charge l'administration du pays.
Dans sa première décision, l'Assemblée des Experts devrait choisir entre les deux options, la direction d'une personne qualifiée ou celle du conseil de direction. Mais toutes les deux options étaient confrontées à des obstacles.
Quelle a été l'histoire de la révision de la constitution de la République islamique d'Iran ?
Dans le même temps, l'attention des experts est attirée sur une lettre que l'Imam Khomeini avait écrite près de quarante jours auparavant ; peut-être que le point de vue de l’Imam et sa perspicacité ait pu résoudre une fois de plus le problème qui se trouvait devant la révolution. Le problème était que la constitution ne pouvait pas être efficace en ce cas, parce que seulement deux options (le conseil de direction ou le choix du guide parmi les Marjas) ont été prévues dans la loi, dont aucun n'a pas été votées dans l'Assemblée des Experts. Quarante jours avant son décès, l'Imam Khomeini avait prévu en quelque sorte cet incident et avait réfléchi à une solution. Le 24 avril 1989, l’Imam a nommé un groupe de vingt membres pour réformer et réviser la constitution.
Sous le commandement de l'Imam, l’Assemble a ajouté 5 personnes à ce groupe. L’Imam Khomeini a nommé l'Ayatollah Khamenei comme président de cette assemblée. Et il a donné seulement deux mois de délai à ce groupe pour réviser certaines parties de la constitution et pour soumettre la nouvelle constitution au vote du peuple pour être confirmée. Dans ce décret, l’Imam a souligné ainsi à propos de l'importance de cette affaire : « Éliminer ses défauts (de la constitution) est une nécessité inévitable de notre société islamique et révolutionnaire, et le retard en cela aura peut-être des conséquences amères pour le pays et pour la révolution. Et j'ai pensé, par le sens du devoir religieux et national, à le résoudre depuis longtemps ». Dès lors, l'Assemblée Révolutionnaire de la Révision et la Réforme de la Constitution avait des réunions pour examiner ce qui était requis par l'ordre de l'Imam, pour pouvoir ensuite soumettre la nouvelle constitution au vote du peuple.
Ce qui a fixé le problème, c’était la réponse de l'Imam Khomeini à l'Ayatollah Meshkini. Dans cette lettre, il constate ainsi : « dès le début, je croyais et insistais sur le fait que la condition d’être un Marja-e taqlid n'est pas nécessaire. Un Mujtahid objectif confirmé par les experts du pays entier suffit ».
En fait, selon la loi régissant l'élection du guide dans la constitution de la République islamique d'Iran, le chef d’État aurait dû être à la fois un mujtahid et un Marja-e taqlid et ces deux notions étaient différentes. Pourtant l’Imam a déjà réfléchi à ce cas et ne considérait Marajaiyat comme une condition nécessaire. En conséquence, après avoir corrigé cet élément, des gens qualifiés ont été ajoutés à la liste des candidats pour le titre de leadership, et finalement l'Ayatullah Seyyed Ali Khamenei a été choisi comme Vali-e Faqih des musulmans.