Peu après l’émigration de Ayatollah Haj Cheikh Abdol Karim Yazdi (Que son âme soit bénie) (Le Norouz 1300 de l’hégire solaire, Rajab 1340 de l’hégire lunaire, mars 1922 de l'ère chrétienne) l’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) se rendit au centre théologique de Qom et s'engagea rapidement dans la maitrise et l’acquisition des différentes connaissances adjointes aux sciences théologiques.
Du fait de son esprit subtil et investigateur l’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) ne pouvait se contenter de la littérature arabe et des cours de Fiqh (Jurisprudence islamique) et Oussoul (Fondement). Il s’intéressa donc aux autres branches scientifiques. En même temps que le Fiqh et Oussoul qu’il apprenait auprès des Docteurs de la Loi, l’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) prit des cours de mathématiques, d’astrologie et de philosophie auprès de Feu Haj Seyed Aboi Hassan Rafii Ghazvini (Que son âme soit bénie), cours qu'il termina auprès de Feu Agha Mirza Ali Akbar Hakami Yazdi (Que son âme soit bénie) avec qui il apprit également les sciences spirituelles et le mysticisme. Il étudia aussi chez Feu Cheikh Mohamad Réza Masjed Chahi Esfahani (Que son âme soit bénie) les règles de la versification, la philosophie islamique et la philosophie occidentale.
Feu Ayatollah Haj Mirza Javad Maleki Tabrizi (Que son âme soit bénie) était son maître en Science de l'Ethique et en Gnose, et durant six ans il suivit les cours supérieurs de gnose théorique et pratique auprès de Feu Ayatollah Mirza Mohamad Ali Chah Abadi (Que son âme soit bénie).
Après le décès de Ayatollah-ol-Ozma Haôri Yazdi (Que son âme soit bénie) les efforts de l’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) et des autres Docteur de la loi du Centre de Théologie de Qom furent couronnés de succès et Ayatollah-ol-Ozma Boroujerdi (Que le Paradis lui soit réservé) devint le doyen de l’Ecole de Théologie de Qom. A cette époque l’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) était connu comme l’un des Maîtres et des Docteurs de la Loi maitrisant le Fiqh, le Oussoul, la Philosophie, la Gnose et l’Ethique. Sa vertu, sa dévotion et son authenticité étaient connues de tous. Ces qualités supérieures acquises durant de longues années de lutte contre l’âme charnelle, d’ascétisme religieux et d’expérimentation des concepts mystiques dans sa vie privée et sociale, rajoutées à sa ligne politique qui consistait à croire fermement en la sauvegarde du prestige des séminaires, en l’autorité du Clergé islamique et en la suprématie religieuse en tant qu’unique refuge du peuple durant ces années difficiles et mouvementées, firent qu’il s’évertuât à raffermir en dépit des difficultés et des divergences les bases de la jeune Ecole théologique de Qom et qu'il restât un partisan dévoué des Ayatollah-ol-ozma Haêri et Boroujerdi (Que DIEU les accueille dans Son Paradis). Après le décès de Ayatollah Boroujerdi (Que son âme soit bénie) et malgré le fait qu’un grand nombre de séminaristes et d’érudits de la communauté islamiques l'eurent choisi comme source d’imitation, l’Imam (Que DIEU le bénisse) évita soigneusement tout acte procédant de la vanité et de l’ambition et il n'eut de cesse de recommander à ses amis d'adopter la même attitude. Lorsque les esprits éveillés de la communauté islamique se ressemblèrent à ses côtés en reconnaissant en lui le Porte-étendard de l’Islam authentique, en retrouvant chez lui l’incarnation même de la vertu et du savoir et en l'identifiant comme seule personne apte à concrétiser leurs aspirations il resta égal à lui-même en déclarant à plusieurs reprises : « Je ne suis intrinsèquement que le serviteur et le soldat de l’Islam et du peuple. »