L’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) se préoccupa notamment des affaires politiques et sociales. Après la consolidation des assises de son règne Réza Khan appliqua dès les premières années de vastes programmes visant à éliminer la culture islamique de la société iranienne. Outre les restrictions qu’il imposa aux religieux il en profita pour interdire les séances de deuil, les discours religieux mais aussi l’enseignement des questions religieuses et du Coran dans les écoles puis la célébration de la prière collective. Des rumeurs concernant la suppression effective du voile islamique des iraniennes musulmanes commencèrent aussi à circuler.
Avant que Réza Khan ait pu révéler ses intentions à plus grande échelle, le Clergé engagé d’Iran fut la première couche qui commença à protester contre ses agissements reconnaissant bien derrière ceux-ci les buts funestes poursuivis à l'arrière dans les coulisses. Les Ulama (Savants) engagés d’Isfahan dirigés par Ayatollah Haj Agha Nourollah Esfahani (Que DIEU le bénisse) accomplirent en signe de protestation en l’an 1306 de l’Hégire solaire (1927 de l’ère chrétienne) une émigration vers Qom et une fois sur place engagèrent un sit-in de protestation. Les Ulama des autres villes en écho à cet acte contestataire émigrèrent eux aussi et leur sit-in à Qom qui dura 105 jours du 21 Shahrivar au 4 Dey 1306 de l’Hégire solaire (13 septembre 1927 au 26 décembre 1327 de l'ère chrétienne) aboutit à un repli factice de Réza Khan; le Premier ministre de l’époque Mokhbére Saltané s’engagea alors à réaliser les revendications des contestataires, mais c’est la mort en martyre au mois de Dey 1306 (Décembre 1927) du leader du soulèvement assassiné par les agents de Réza Khan qui mit quasiment fin au sit-in.
Les évènements qui venaient de se dérouler offrirent l’opportunité au jeune, talentueux et brave séminariste répondant au nom de Rouhollah Khomeini (Que DIEU le bénisse) de participer de près à la lutte du Clergé islamique face à Réza Khan. En outre quelques mois auparavant lors du Norouz de l’an 1306 de l’Hégire solaire (Mars 1927) à Qom l’érudit et éminent combattant Ayatollah Bafghi (Que DIEU le bénisse) qui s’était opposé à Réza Khan s’était fait molesté par les hommes du roi et exilé à Rey après que celui eut envoyé ses forces militaires cerner la ville. Cet événement et d’autres faits similaires qui s’étaient déroulés dans l’Assemblée législative notamment les luttes menées par le fameux religieux combattant Ayatollah Seyed Hassan Modaress (Que DIEU le bénisse), marquèrent aussi très fortement de leur empreinte l’esprit subtil et exalté de l’Imam (Que DIEU le bénisse).
Lorsque pour détruire le Centre théologique de Qom Réza Khan émit l’ordre de faire subir des examens gouvernementaux aux religieux l’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) commença par dénoncer les buts réels de cette injonction et s’y opposa tout en prévenant des dangers encourus certains Ulama (Savants) de grand renom de Qom qui prenaient naïvement cette mesure pour une avancée positive allant dans le sens des réformes. Malheureusement cette période-ci fut un temps d’abandon durant lequel le Clergé musulman iranien capitula face aux propagandes massives des médias progouvernementaux, face aux conditions difficiles du moment, face aux désaccords et face aux échecs subis après la révolution constitutionnelle, ce qui poussa l’Imam (Que DIEU le bénisse) à choisir l’isolement; finalement l’enseignement des matières comme la Gnose et la Philosophie qui éclairaient les idées et révélaient les problèmes et les malheurs du moment fut interdit par les esprits transgresseurs et les fanatiques fainéants. L’Imam Khomeini (Que DIEU le bénisse) fut contraint de cesser ses cours de Philosophie, de Gnose et d’Ethique. Il changea donc l’endroit de ses cours et se mit à enseigner clandestinement. Le fruit prodigieux de ces efforts sublimes fut l’éducation remarquable reçue par d’illustres personnalités comme le Allameh Martyr Ayatollah Motahari (Que DIEU sanctifie son noble secret).
Tous les efforts déployés par Réza Khan visant à faire disparaître purement et simplement l’Islam et à interdire le port du voile islamique et la célébration des cérémonies religieuses échouèrent face à la résistance des Ulama et du peuple iranien. Voyant ses plans voués à l’échec il dut donc battre en retraite.