لابحسب تقرير مراسل جماران، في شهر أرديبهشت من عام 1989 (1368 هـ.ش)، قام الفريق الطبي بتشخيص مرض الإمام الخميني (قده) وقرر إجراء عملية جراحية له. وقد أُجريت العملية بنجاح. في الأيام الأولى لم تكن حالته العامة سيئة، لكنها بدأت تتدهور تدريجياً، رغم أن الإمام كان يعاني من آلام شديدة طوال تلك الأيام، وكانت الأدوية تُستخدم لتخفيف آلامه.
ومع ذلك، كان الإمام يعلم أنه لن يعود من المستشفى إلى منزله مرة أخرى. وقد نقل المرحوم الحاج أحمد آقا، الذي كان أقرب شخص إلى الإمام، في مذكراته عن تلك الأيام قائلاً:
في اليوم التالي، أخذنا الإمام إلى ساحة المنزل. فقال لي الإمام: «أحمد، ما هذا المبنى المقابل لي؟». فقلت له: «هذا المبنى هو الحسينية. كنتم ترونه دائماً من الجهة الأخرى، أما الآن فترونه من هذا الجانب، من الشرق». فقلت له: «إن شاء الله ستتعافى ونذهب معاً إلى الحسينية وتعودون إلى أعمالكم كالسابق». فقال لي: «أحمد، كن واثقاً أنني لن أتعافى من هذا المرض وسأموت». تأثرت كثيراً وقلت له: «لا يا سيدي، لماذا تقول هذا الكلام؟». فردّ قائلاً: «هذا هو الواقع». ثم نقلنا سرير الإمام إلى داخل الغرفة. ومنذ ما قبل الظهر في اليوم التالي، بدأت حالة الإمام تتدهور.
في اليوم الأخير، الذي كان يوم الثالث عشر من خرداد، فقد الأطباء الأمل. لأنهم مهما استخدموا من أدوية، لم يرتفع ضغط الدم. كان الأطباء وبعض الأصدقاء يجلسون هنا وهناك في حالة من الحزن العميق، غير قادرين على قول أي شيء. كان الدكتور فاضل والدكتور عارفي جالسين معاً. ذهبت إليهم وقلت: «ما الأخبار؟ لماذا أنتم جالسون هكذا وحزينون؟». فقال لي الدكتور فاضل: «يا فلان، السيد لن يستطيع الكلام بعد ساعة أو ساعتين. اذهب واسأله ما تريد». فقلت: «حسناً»، وذهبت إلى الغرفة. فرأيت وجه الإمام مشرقاً، وملامحه يملؤها النور، وكان يؤدي الصلاة. كان الإمام يصلي منذ الليلة السابقة. منذ الساعة العاشرة من الليلة التي سبقت وفاته، وهو مستمر في الصلاة. في تلك الليلة، لم يساعده السيد أنصاري على الوضوء، لأن الإمام لم يطلب ذلك، إذ كان مستيقظاً طوال الليل منشغلاً بالصلاة، دون أن يفعل أي شيء آخر سوى الصلاة.
دخلت إلى الغرفة، ورأيته يصلي. وهو مستلقٍ، كان يرفع رأسه للركوع، ثم ينزل للسجود رغم ضعف الضغط. حاولت أن أتحدث إليه، لكن لم يطاوعني قلبي على أن أقطع تلك الأجواء الروحانية. فاكتفيت بالنظر إليه قليلاً ثم خرجت من الغرفة. عند الساعة الثالثة عصراً، ساءت حالته، وبدأت الأجهزة في العمل، وفي الساعة العاشرة مساءً، فارق الإمام الحياة.