الكاظمية
في الثالث عشر من شهر مهر عام 1344شمسي، الموافق التاسع من جمادى الثاني سنة 1385للهجرة، توجّه الامام الخميني ونجله آية الله السيد مصطفى الخميني من تركيا الى العراق والى مدينة الكاظمية بالتحديد والنزول في فندق الجمالي. وبعد الاستراحة توجّه لزيارة المرقد الطاهر للامامين الجوادين (ع) ..
صاحب الفندق شخص يدعى السيد عبدالامير الجمالي. ومن الفندق حاول آية الله السيد مصطفى الخميني الاتصال بالسيد نصر الله الخلخالي بمدينة النجف ليبلغه بوصولهم. وأثناء هذه المكالمة الهاتفية تعرف صاحب الفندق على الامام الخميني وحرص على الاحتفاء به ومحاولة أخذه الى منزله و وضع كل الامكانات تحت تصرفه. وفي اليوم الثاني من وجود الامام في الكاظمية، جاء للقائه وزير الوحدة العراقي الدكتور عبدالرزاق محي الدين مبعوثاً من قبل رئيس الجمهورية العراقية الفريق عبدالسلام عارف.
سامراء
بعد أن انتشر خبر وصول سماحة الامام الى العراق، أخذ طلبة العلوم الدينية والعلماء وأبناء النجف يتوافدون على الكاظمية. وعصر يوم الخميس الموافق 15/7/1344 شمسي، توجّه الامام الخميني برفقة نجله الحاج مصطفى وجمع من علماء الدين في النجف والكاظمية، الى سامراء. ووسط ترحيب حار من قبل أهالي سامراء وعلماء الدين فيها، استقر الامام الخميني في مدرسة المرحوم الميرزا الشيرازي.
كربلاء
ويوم 16/7/1344 شمسي، توجّه الامام الخميني الى مدينة كربلاء. وعلى مسافة ثلاثين كيلومتراً من كربلاء وفي قصبة (المسيب) بالتحديد، كان في استقبال سماحته العلماء وأبناء المنطقة. وبمجرد وصوله الى كربلاء توجّه مباشرة الى المرقد الطاهر لسيد الشهداء الامام الحسين بن علي. وبعد انتقاله الى مدنية النجف للإقامة فيها، كان الامام يزور كربلاء في المناسبات وفي أيام محرم والنصف من شعبان وفي شهر رجب وأيام الفاطمية، وكانت إقامته المؤقتة في منزل يعود لأحد الكويتيين. ويقع هذا المنزل في نهاية السوق المقابل للمرقد الطاهر لسيد الشهداء(ع)، وكانت المسافة ما
بين المنزل والمرقد الطاهر قصيرة، فكان يقطعها الامام مشياً على الاقدام.
النجف الاشرف
في الثالث عشر من مهر 1344 شمسي ، يتوجه الامام الخميني (قدس سره) ونجله آية الله السيد مصطفى، الى منفاه الثاني في العراق.
بعد وصوله الاراضي العراقية أمضى سماحة الامام ونجله السيد مصطفى اسبوعاً في زيارة العتبات المقدسة بمدينة الكاظمين وسامراء وكربلاء، ومن ثم توجه الى مدينة النجف الاشرف للاقامة فيها. المكوث في المنفى استغرق ثلاثة عشر عاماً، وقد امضى سماحته العام الأخير بفقدان نجله الشهيد.
النجف اسم مدينة في العراق تضم مرقد الامام علي بن ابي طالب (عليه السلام) الامام الاول للشيعة.. تقع مدينة النجف جغرافياً على بعد 160 كيلومتراً جنوب بغداد. وتعتبر هذه المدينة احدى أقدس المدن الشيعية ومركز القوة السياسية للشيعة في العراق. والى مقربة من النجف تقع مدينة الكوفة وأن المدينتين متداخلتان بنحو لا يمكن الفصل بينهما.. لم يكن للمدينة تاريخ يذكر قبل دفن الامام علي بن أبي فيها، وقد اكتستب شهرتها بعد ضمها لقبر الامام بناءً على وصيته.. الامام الاول للشيعة الذي استشهد في مسجد الكوفة، كان قد اوصى بأن يدفن سرّاً في موقع قريب من مدينة الكوفة ، وأن هذا الموقع هو الذي يعرف اليوم بمدينة النجف. وبعد انقضاء ما يقارب المائة عام على استشهاد الامام، قام الائمة ( عليهم السلام ) من بعده بلفت انظار الناس الى مدفنه. وكان ذلك مدعاة لأن يختار أتباع الامام علي واحبائه هذه المنطقة مكاناً لسكناهم بمرور الوقت. وبعد ذلك ومع اتساع النمو السكاني للشيعة في النجف، أصبحت المدينة مركزاً دينياً وضمّ اولى الحوزات العلمية الشيعية... فقبل أن تزدهر حوزة قم العلمية على يد آية الله عبد الكريم الحائري، كان طلبة العلوم الدينية يتوجهون الى مدينة النجف لمواصلة دراستهم، وعلى الرغم من اختلاف الظروف في الوقت الحاضر إلاّ أنه لازالت الحوزة العلمية في النجف تتمتع بمكانة سامية. وكانت الحوزة العلمية في النجف الاشرف تضم شخصيات فذة من علماء الشيعة يَدرسون ويُدرسون فيها، وكان سماحة الامام الخميني يلقي دروسه ومحاضراته في مدرسة الشيخ الانصاري طوال الثلاثة عشر عاماً من وجوده في النجف. وفي الوقت الحاضر يقيم آية الله السيد علي السيستاني المرجع الشيعي الكبير في هذه المدينة.