في مثل هذه الظروف ولد روح الله الموسوي الخميني في العشرين من جمادى الثانية سنة 1320 هـ، الموافق 24 ايلول 1902 م؛ في مدينة خمين احدى مدن المحافظة المركزية، في بيت عُرف بالعلم والتقوى والجهادي والهجرة، ومن اسرة تنتسب الي الصديقة فاطمة الزهراء؛ ورث منها سجايا آباء واجداد سعوا جاهدين جيلاً بعد جيل لهداية الناس، والنهل من المعارف الالهيّة.
عاصر المرحوم آية الله السيد مصطفى الموسوي ـ والد الإمام الخميني ـ المرحوم آية الله العظمى الميرزا الشيرازي رَضي اللهُ عَنهُ. ودرس العلوم والمعارف الاسلامية في النجف الاشرف لعدة سنوات، وبعد ان بلغ مرتبة الاجتهاد عاد الى ايران ليقيم في خمين ويصبح ملجأً وملاذاً وموجِّهاً للناس في امور دينهم.
لم يُتم روح الله الخمسة اشهر، حتي استشهد والده في طريقه من خمين الي اراك علي يد قطاع الطرق والخوانين المدعومين من قبل عملاء السلطة، انتقاماً من مساعيه في احقاق الحق والوقوف في وجه الطغاة والظلمة. ويومها توجهت اسرة الشهيد الي طهران ـ دار الحكومة آنذاك ـ واصرّت علي تنفيذ العدالة وانزال القصاص بحق قاتليه.
وبذا يكون الإمام الخميني قد واجه منذ طفولته قسوة اليتم وادرك مفهوم الشهادة.
بعد استشهاد والده امضى الإمام الخميني طفولته في احضان والدته (السيدة هاجر)، سليلة العلم والتقوى، فهي من احفاد المرحوم آية الله الخونساري - صاحب زبدة التصانيف ـ ورعاية عمته المكرمة (صاحبة خانم)، المرأة الشجاعة التقيّة. حتى اذا ما بلغ الخامسة عشرة من عمره حرم من نعمة هاتين العزيزتين.