عندما انتقل السيد الحكيم الی بغداد احتجاجاً‌علی مواقف النظام البعثي، أخذ المسلمون الشيعة يأتون من مختلف انحاء العراق مجموعات لزيارته، وكان ذلك يتم بمثابة تحركاً احتجاجياً ضد الحكومة البعثية، مما دفع بالنظام البعثي الی مهاجمة منزل آیة الله الحكيم ومحاصرته، حيث أغلق باب المنزل وقامت السلطات باعتقال كل من يأتي لزيارته، وأخيراً قرر آیة الله الحكيم التوجه الی الكوفة احتجاجاً علی تصرف الحكومة البعثية،وامتنع عن استقبال أحد، الى أن رحل الزعيم الديني الاعلی للشيعة عن هذه الدنيا غريباً مظلوماً.
كان علماء‌النجف يمتنعون عن الترديد علی آیة الله الحكيم والاختلاط به خوفاً وخشية من غضب واضطهاد النظام البعثي. غير أن الامام وبوحي‌من خصاله الربانية وشجاعته المحمدية، قام بزيارته في منزله، وكان يبعث كل يوم نجله المرحوم السيد مصطفی لرؤية‌آية‌الله الحكيم والاطمئنان عليه. ولهذا أقدم النظام البعثي علی احتجاز السيد المصطفی ونقله الی بغداد. فخيمت اجواء من الخوف والرعب علی النجف. كانوا يأتون الی منزل الامام و يطلبون من سماحته بمطالبة الحكومة العراقية رسمياً باطلاق سراح السيد مصطفی. لأن الجميع كان يتخوف من امكانية أن يتعرض الی سوء.فكان الامام يجيبهم قائلاً: (أن مثل هذه الصعوبات والآلام موجودة في النضال. ان الذي يخوض النضال ضد العدو لا يترجاه مطلقاً. حتی لو قرروا قتل مصطفی، فلن أترجاهم لإطلاق سراحه). كل ذلك كان في وقت تم فيه احتجاز المرحوم السيد مصطفی طوال اسبوع كامل في بغداد، ولم يكن هناك اي خبر عن مصيره.
(حجة‌الاسلام سيد علي اكبر محتشمي، مقتطفات من سيرة الامام الخميني،ج5، ص56-57).