أشار آية الله شبيري زنجاني إلى ستة ذكريات من العلاقة الحميمة التي كانت تربط الإمام الخميني (رض) وآية الله الخوئي في كتابه جرعة من البحر، وهي كالتالي:
•سمعت من سيدنا الوالد أنّ آية الله الخوئي عندما جاء إلى مدينة قم المقدسة دخل دار الإمام الخميني وبما انني كنت مقررا لمحاضرات آية الله النائيني فذهبت لزيارته وشاهدت العلاقة الطيبة بين السيد الإمام الخميني وآية الله الخوئي رحمة الله عليهما.
•سمعت من أحد انّ أول شخص اتصل به الإمام الخميني بعد أن نُفي إلى العراق ووصل إلى مدينة الكاظمية ببغداد هو آية الله السيد الخوئي.
•كان آية الله الخوئي دائماً يزور السيد الإمام الخميني في مدينة النجف الأشرف بحيث اعترض البعض على كثرة زيارته للسيد الإمام، لكن كان آية الله الخوئي يضرب الاعتراضات عرض الحائط ولم يتأثر بها.
•عندما استشهد السيد مصطفى نجل السيد الإمام الخميني فقد صلى على جثمانه الشريف آية الله الخوئي.
•يوم من الأيام قدّم آية الله الخوئي عباءة للسيد احمد الفهري ليهديها إلى السيد الإمام الخميني وعندما استلم السيد الإمام الهدية قال للسيد الفهري: انا سعيد جدا بعلاقتك مع آية الله الخوئي ولو كانت هذه الهدية من غير آية الله الخوئي لرفضتها.
•سمعت من السيد حسين نجل المرحوم السيد مصطفى الخميني: كان بيت السيد الإمام في مدينة النجف الأشرف حاراً جداً في فصل الصيف وفي يوم من الأيام زار آية الله الخوئي السيد الإمام وشاهد أوضاع البيت ولذا أمر مهندساً معمارياً لإيجاد تغييرات في البيت حتى يتغير الهواء فيه، فنفذ المهندس المعماري ما أمر به آية الله الخوئي.